A disposição das coleções, o seu mobiliário expositivo e a arquitetura interior refletem, em muito, o tipo de museologia do séc. xix, de que já restam poucos exemplos na europa, o que o faz ser considerado, pelos especialistas, como um “museu dos museus”.

O museu geológico integra a rede portuguesa de museus e em 2010 foi classificado como “imóvel de interesse público”, atendendo ao “i ncalculável valor científico das coleções que conserva e ao seu íntegro espaço expositivo que é já uma referência por si próprio, da museografia oitocentista, dos seus sistemas classificatórios e de apresentação de peças, na verdade um “museu dos museus” de história mineralógica, paleontológica e arqueológica, cujo reconhecimento e preservação deverão ser acautelados no âmbito da classificação do conjunto”.